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財政部將訂定「關港貿單一窗口運作實施辦法」，以因應該單一窗口服務平台上線實施。財政部指出，因應單一窗口服務平台上線，應建立符合法制環境以利運作，該部將依據關稅法第十條之一第三項規定，會商參與關港貿單一窗口作業之關務、航港、貿易簽審、檢驗及檢疫等業務之相關政府機關（構），就關港貿單一窗口之營運、管理、收費基準、資料拆封、蒐集、處理、利用及其他相關實施事項，擬具「關港貿單一窗口運作實施辦法」草案。

辦法草案共計十一條，要點包括辦法授權依據及用詞定義、營運項目及辦理機關、依法規傳輸資料之效力及營運初期以電子資料傳輸方式辦理者應透過通關網路連線、使用關港貿單一窗口申辦業務者應以規定之憑證提出註冊申請，以及經由關港貿單一窗口傳輸之電子文件收受及送達時點之認定、應依公告之電子資料格式辦理、提供服務時間、備援措施及通關網路業者應配合備援措施調整其作業、傳輸資料與傳輸時間及內容證明文件之申請及辦法施行日期。

關港貿單一窗口服務平台係整合財政部「海關通關系統」、交通部「航港單一窗口服務平台」及經濟部「便捷貿e網」三大資訊系統建置，節省業者通關簽審申辦成本，提供更便捷通關、簽審及航港作業服務，營造優質經貿環境，提高產業全球競爭力。更重要的是，政府各機關（構）通關有關文件及資料透過平台，將可快速處理、依法分送及共享，達到一次輸入全程服務目標，進一步促進通關電子文件交換，加速並簡化通關作業。